I po právní moci odsuzujícího rozsudku může odsouzený uplatnit mimořádné opravné prostředky – dovolání (následované ústavní stížností a případně i stížností k evropskému soudu pro lidská práva), nezávisle na tom stížnost pro porušení zákona (podnět k ministru spravedlnosti) nebo návrh na obnovu řízení. Případně žádost k prezidentu republiky o milost (aby odsouzený nemusel vykonat trest, tedy ne o zrušení viny). 

Uplatnění těchto nástrojů ovšem nezastaví povinnost odsouzeného, aby se podrobil uloženému trestu, dokud některý z uplatněných prostředků nezruší účinky odsuzujícího rozsudku.

Právní mocí odsuzujícího rozsudku se z obžalovaného stává odsouzený, který musí čekat na výzvu vykonat trest, například nastoupit do vězení.

Mimo nepodmíněný trest odnětí svobody ovšem existuje celá řada alternativních trestů: domácí vězení (odsouzený může chodit do práce, do obchodu, k lékaři), veřejně prospěšné práce a další. Stejně tak je rozšířené podmíněné odložení trestu se zkušební dobou (tzv. podmínka). Ve všech těchto alternativách vykonává nad odsouzeným dohled ustanovený probační úředník. Ten má nově rozšířené pravomoci upravovat detaily výkonu alternativních trestů, kdy do této pravomoci upravovat výkon trestu soud zasáhne jen na žádost odsouzeného, který nesouhlasí s postupem probačního úředníka. S probačním úředníkem se vyplatí vzorně spolupracovat od začátku.

O alternativní trest je třeba usilovat před vydáním odsuzujícího rozsudku. Tzn. je-li zřejmé, že trestní řízení neskončí pro obviněného zcela pozitivně, je třeba v rámci procesní strategie připravit půdu k tomu, aby byla ukládaná sankce co možná nejméně citelná.

Trestní řízení končí právní mocí rozsudku, tedy nejpozději rozsudku odvolacího soudu. Pak už nelze měnit uložený trest a z obžalovaného se stane odsouzený, který musí čekat na výzvu k výkonu trestu, nejčastěji nástupu do vězení. Tomu se zásadně nelze vyhnout ani když je odsouzený nemocný či musí pečovat o své dítě (věznice mají nemocnice a oddělení s dětmi). Výjimečně lze požádat o odklad nástupu do výkonu trestu. 

Výběr místa výkonu trestu (věznice) provede soud, který vydal rozsudek a zašle odsouzenému výzvu, aby nastoupil do vězení. Před nástupem mu obvykle poskytne lhůtu, aby si odsouzený zařídil nezbytné osobní a úřední záležitosti (ne delší než měsíc). Pokud odsouzený nenastoupí, nechá ho soud vyhledat policií a přinutit k nástupu do vězení. Takový odpor má zásadní vliv na možnost z vězení vyjít na tzv. podmíněné propuštění před uplynutím celé doby trestu.

Odsouzený může před uplynutím soudem stanovené lhůty k začátku výkonu trestu požádat soud o odklad výkonu trestu. O takové žádosti rozhoduje soud (nemění se rozsudek, jen jeho provedení), který posoudí mimořádnost důvodů pro schválení odkladu. 

Zpravidla jediným účinným důvodem pro odklad je zdravotní stav odsouzeného, kdy by nástup do výkonu trestu ohrozil jeho zdraví či život. Proto k žádosti o odklad výkonu trestu musí odsouzený přiložit dostatečné lékařské zprávy. Na povolení odkladu není právní nárok.

Po nástupu do vězení může odsouzený požádat o přerušení výkonu trestu (žádost se podává k řediteli věznice, který ji postupuje na soud). Přerušení trestu není možné u alternativních trestů. Přerušení výkonu trestu ve vězení je opět mimořádným postupem, a opět jediným účinným důvodem je nutnost léčení odsouzeného, které není schopna věznice zajistit sama. Na povolení přerušení výkonu trestu není právní nárok.

Trest nepodmíněného odnětí svobody nemusí trvat celou dobu uloženou v odsuzujícím rozsudku, ale na základě dobrého chování odsouzeného ve vězení a po splnění jiných podmínek (alespoň částečná náhrada škody apod.) může být odsouzený po určité době ve vězení (minimálně 1/3) podmíněně propuštěn. Pak ovšem bude po celou zbývající dobu pod dohledem ustanového probačního úředníka, a jakmile poruší podmínky podmíněného propuštění, musí se vrátit do vězení.

Pouze u trestu zákazu činnosti nebo zákazu pobytu může odsouzený požádat soud, aby podmíněně upustil od povinnosti dodržet zákaz činnosti nebo pobytu po zbytek doby takových trestů. Tuto žádost může podat až poté, co vykonal minimálně polovinu doby, na kterou mu byl trest uložen. 

Pro schválení své žádosti musí odsouzený soudu prokázat způsobem života v době výkonu trestu, že se již napravil a nebude tedy potřeba, aby vykonal i zbytek takového trestu. Mimo takový způsob života může odsouzený soudu k žádosti doložit nabídku, že se za jeho další způsob života zaručí někdo jiný (spolky, osoby blízké). Spolehlivost nabídnuté záruky si ovšem soud posoudí sám. Na podmíněné upuštění tedy opět není právní nárok. 

Když odsouzený neporuší podmínky dohledu ve zkušební době, je v jeho zájmu, aby u soudu, který jej v prvním stupni odsoudil, hned po skončení zkušební doby podal žádost o rozhodnutí o osvědčení se ve zkušební době. K této žádosti je třeba soudu přiložit doklady, že odsouzený splnil podmínky zkušební doby (nejdůležitější je zpráva probačního úředníka). Soud pak v řízení vydá rozhodnutí, že se odsouzený osvědčil nebo ne. Pokud soud toto rozhodnutí nevydá do 1 roku od podání žádosti, osvědčení vznikne automaticky. Až po získání osvědčení pak může odsouzený požádat soud o zahlazení trestu (po uplynutí různě dlouhé předepsané doby řádného života).

Po vykonání trestu odsouzený nesmí zapomenout požádat soud o zahlazení trestu v trestním rejstříku, a to po uplynutí předepsané doby podle druhu trestu. Jinak mu zápis v trestním rejstříku může komplikovat řádný život, zejména tam, kde se ze zákona vyžaduje bezúhonnost (státní služba, účast ve veřejných zakázkách atd.)

Tato možnost nevyžaduje žádné formální náležitosti, i když pro ni existuje doporučený formulář na stránkách Ministerstva spravedlnosti. Lze ji podat kdykoliv, tedy dokud není vykonaný celý uložený trest. Podává se kanceláři prezidenta republiky prostřednictvím Ministerstva spravedlnosti. Pro její úspěšnost je rozhodující faktický stav odsouzeného. V drtivé většině případů je milost udělována jen, když jde o život či zdraví odsouzeného.

V žádosti o milost lze požádat buď o prominutí trestu nebo jeho zbytku NEBO o zastavení trestního stíhání. Nelze tedy žádat o zrušení jednou soudem vyslovené viny. Pokud prezident milost udělí, nemá to vliv na platnost rozsudku, jen se rozsudek nevykoná. Odsouzenému ani nevznikne nárok na kompenzaci státu za odsouzení či na výmaz záznamu z Rejstříku trestů.