Klíčovou osobou je v přípravném řízení státní zástupce, který proces v této fázi řídí a dává pokyny policejnímu orgánu, tedy dozoruje vyšetřovatele. Může rušit jeho rozhodnutí a opatření a nahrazovat je vlastními. Případně může sám provést jednotlivé úkony, nebo i celé vyšetřování. 

Může rozhodnout o propuštění z vazby. Jeho souhlasem je podmíněno mnoho zásadních kroků. Státní zástupce může rovněž rozhodnout o zastavení trestního stíhání, schvaluje narovnání (rovněž vedoucí k jeho zastavení), případně schvaluje podmíněné zastavení trestního stíhání. 

Podle stavu důkazů a podle postavení obviněného může strategie obhajoby spočívat buď v mlčení s heslem "dokažte vinu nebo zastavte stíhání" nebo v naopak v účinné komunikaci se státním zástupcem, která může být za určitých okolností klíčová pro pozitivní výsledek řízení ve prospěch obviněného. 

Zajistit osobu pro trestní stíhání lze tzv. zadržením, které znamená omezení osobní svobody na krátkou dobu z rozhodnutí policejního orgánu. Zadržet lze však jen tehdy, když se u obviněného naplní některý ze zákonných důvodů k vazbě. Policejní orgán musí zadržení bezodkladně oznámit státnímu zástupci a zadrženou osobu vyslechnout (se zápisem do protokolu). 

Zadržení může trvat nejdéle 48 hodin. Pokud pak na návrh státního zástupce soud nerozhodne o vzetí obviněného do vazby, musí být propuštěn na svobodu. Soudce musí zadrženého vyslechnout od 24 hodin od okamžiku, kdy obdrží takový návrh. Soud proto funguje i mimo pracovní dny.

Mimo osob může vyšetřovatel (se souhlasem svého dozorujícího státního zástupce) zajistit i věci, a to ve dvojím režimu: pro 1. předložení a zajištění věcí sloužících pro důkazní účely a 2. pro zajištění věcí, jež jsou nástroji a výnosy z trestné činnosti. 

Věcí důležitou pro trestní řízení, kterou lze zajistit, musí splnit aspoň jednu z následujících podmínek:  1. může sloužit pro důkazní účely, 2. byla určena nebo využita ke spáchání trestného činu, 3. byla získána trestným činem nebo jako odměna za něj nebo vyměněna (i zčásti) za věc získanou trestným činem nebo za odměnu za trestný čin, a nakonec 4. i věc, která je náhradní hodnotou za věc vymezenou v bodech 2 a 3.

Pro zajištění nemusí policejní orgán získat jednoznačné důkazy, že věc jednu z těchto podmínek naplnila, stačí jen, že zjištěné skutečnosti nasvědčují tomu, že určitá věc je výnosem z trestné činnosti. Po zajištění věci jsou za její údržbu a zachování odpovědné orgány činné v trestním řízení. V případě poškození zajištěné věci v průběhu trestního řízení připadá v úvahu uplatnění nároku na náhradu škody proti státu (nedostatečná péče o zajištěnou věc).

Provedení domovní prohlídky je jeden z nástrojů získávání důkazů v trestním řízení a a spadá do tzv. neodkladných a neopakovatelných úkonů před zahájením trestního stíhání. 

Domovní prohlídka musí proto splnit přísné podmínky, aby nedošlo k porušení ústavního práva na ochranu obydlí. Podmínky pro ni v trestním řádu jsou formulovány obecně a postupně je upřesnil Ústavní soud. Musí jít o jednu ze tří situací: 

1. pachatel je neznámý, ale prohlídka je nezbytná pro další trestní řízení, nebo 2. pachatel je známý, ale v okamžiku úkonu jej není možné seznámit s důvody trestního stíhání, nebo 3. proti pachateli je už dostatek podkladů pro zahájení trestního stíhání i bez domovní prohlídky, ale existuje důvodná obava, že sdělením obvinění může pachatel zničit důkazy.

V případě hrozící domovní prohlídky je dobré znát práva a povinnosti dotčené osoby, zejména pokud jde o to, jakou součinnost (ne)musí poskytnout. Právě důkazy zajištěné v rámci domovní prohlídky totiž mohou být pro výsledek trestního řízení klíčové.

Zatímco zadržení může nastat před sdělením obvinění, vazba může nastat až po sdělení obvinění. Uvalením vazby se obviněnému dočasně odejme svoboda a donutí se k pobytu ve vazební věznici. Uvalit vazbu v trestním stíhání není povinné, ale rozhodující pro ni není závažnost stíhaného trestného činu, ale důvodná obava, že dojde k jedné z následujících 3 situací:

1. obviněný se bude skrývat nebo uprchne, aby se vyhnul trestnímu stíhání nebo trestu,

2. obviněný bude ovlivňovat spoluobviněné nebo svědky, 

3. obviněný bude pokračovat či opakovat trestnou činnost, za kterou je právě trestně stíhán (nebo už byl v minulosti).

Pro rozhodování o uvalení vazby musí být soudce a obhájce a pro rozhodnutí o ní je důležité chování obviněného. Klíčová je podpora obhájce. Ten může pomoci vyvrátit existenci vazebních důvodů, případně zajistit nahrazení vazby – peněžitou zárukou (kaucí) ve výši, kterou stanoví soud, předložit písemný slib obviněného nebo zajistit záruku od jiné osoby nebo navrhnout dohled probačního úředníka. O přijetí těchto alternativ rozhodne soudce právě během řízení o vazbě.

V případě, že soud vazbu nařídí, je to právě obhájce, kdo může se státním zástupcem dohodnout nahrazení vazby některým z výše uvedených prostředků v případě, že během vazebního zasedání u soudu toto nebylo i s ohledem na extrémně krátké lhůty pro zajištění potřebných podkladů možné. I v případě soudního nařízení vazby tak může být tímto postupem obviněný velmi rychle z vazby propuštěn.

Ústavním právem je zákaz sebeobviňování. Obviněný má tedy právo, ale ne povinnost vypovídat. Obviněný také může vypovídat pouze částečně. Případně může podrobnou výpovědí s orgány činnými v trestním řízení spolupracovat a zajistit tak zastavení trestního stíhání, případně nižší trest. 

Volbu strategie je třeba provést předem a na základě detailní znalosti obvinění a obsahu spisu. Tedy toho, z čeho je osoba obviněna a čím jsou toto orgány schopné podložit – nejen v okamžiku obvinění, ale i následně v průběhu řízení. 

Přestože může jít obsahově o totéž jako u podání vysvětlení, po sdělení obvinění je třeba totéž zopakovat nebo prohloubit jako svědeckou výpověď. Takto vypovídající osoba má postavení svědka a odpovídající práva (včetně nároku na svědečné). 

Svědeckou výpověď je možné odepřít podat pouze tehdy, že by tím svědek mohl způsobit trestní stíhání sobě nebo své osobě blízké. Když svědek tyto důvody nemá, může být svědek nucen k podání svědectví ukládáním pokut. Nemůže být ovšem nucen např. k podrobnostem, tedy svědku stačí vypovědět pouze to, co si pamatuje bez jakýchkoliv pochybností.

Významným prostředkem obviněného (a jeho obhájce), jak v přípravném řízení ovlivňovat jeho vývoj ve prospěch obviněného (tedy aby nedošlo k podání obžaloby), je mít kompletní přehled o vývoji vyšetřování. To je přístupné jen pomocí neomezeného nahlížení do vyšetřovacího spisu, které nemůže obviněnému (a jeho obhájci) odepřít – na rozdíl od jiných osob. 

Je nutné připomenout, že existuje oficiální a neoficiální část spisu, jehož rozdělení je výhradně v rukou státního zástupce (ten rozhodne, které z informací získaných během trestního stíhání souvisí s obviněním a které byly slepou uličkou, ale přesto vyšetřovatel archivuje).

Kvalita obhájce se pozná právě i na tom, jak podle vývoje spisu dovede navrhnout doplnění vyšetřování, tedy provedení dalších důkazů, ve prospěch obviněného. Právo navrhovat doplnění vyšetřování má i poškozený. Rozhodování o těchto  návrzích je však plně v rukou státního zástupce. Pokud návrhy odmítne, zbývá možnost navrhovat doplnění dokazování v řízení před soudem.

Přestože je zažité, že výsledkem trestního řízení bývá trest odnětí svobody (vězení), v posledních letech se těžiště trestání přenáší na alternativy k vězení, na tzv. odklony. 

Neznámějším odklonem je 1. dohoda o vině a trestu, dále u méně závažných trestných činů hojně využívaný 2. trestní příkaz navrhovaný státním zástupcem (zkrácený postup, který lze transformovat do standardního projednání soudem včasným podáním odporu proti doručenému trestnímu příkazu), dále 3. podmíněné zastavení trestního stíhání (které má např. tu výhodu, že se na rozdíl od podmíněného upuštění od potrestání nepromítne do Rejstříku trestů), 4. narovnání (jehož podmínkou není pouze souhlas poškozeného, ale i provedení náhrady škody a příspěvek na oběti trestných činů) a posledním odklonem je 5. odstoupení od trestního stíhání v řízení ve věcech mládeže.

Navrhovat odklon může jak obviněný, tak státní zástupce (poškozený nemůže), nicméně výsledné rozhodnutí o návrhu na odklon je v případném řízení vždy na posouzení státního zástupce. Odklony je třeba navrhnout i později – na začátku hlavního líčení, kdy je soud buď schválí nebo naopak pokračuje v hlavním líčení.

U málo závažných trestných činů, které spadají k okresním soudům a za které lze uložit trest vězení nejdéle na 3 roky, může proběhnout zkrácené přípravné řízení. Pro takový postup ale musí být splněna podmínka buď, 1. že Policie ČR zadržela pachatele při činu (nebo hned po něm) nebo že 2. vyšetřovatel zjistil skutečnosti, které odůvodňují zahájení trestního stíhaní a současně bude možné stihnout postavit pachatele před soud do 2 týdnů od obdržení podnětu k trestnímu stíhání.

Toto zkrácené řízení je plně v rukou vyšetřovatele. Pokud neskončí toto zkrácené řízení ve 2 týdnech, aby státní zástupce mohl podat návrh na  trestní příkaz nebo podat obžalobu, může státní zástupce tuto lhůtu prodloužit maximálně o 10 dnů. Pokud to ovšem nestihne, musí proběhnout standardní trestní stíhání.